I primi insediamenti umani risalgono ad alcuni secoli prima del 4000 a.C. a Lipari e Salina per la ricerca e l’utilizzo dell’ossidiana, il vetro vulcanico dovuto al raffreddamento della lava, che costituiva il materiale più tagliente di cui si potesse disporre. Questo commercio portò alle isole una straordinaria prosperità.
Solo più di mille anni dopo, intorno al 3000 a.C., incominciarono ad essere abitate anche le isole minori, nella seconda metà del terzo millennio si stanziarono popolazioni provenientidalla Grecia. Ad essi si riferisce il ciclo di leggende che trova eco nell’Odissea di Omero, nell’episodio del dio Eolo che accoglie Ulisse concedendogli l’otre dei venti.
Le isole Eolie ebbero una grande importanza strategica durante la guerra civile tra Ottaviano e Sesto Pompeo, ma non si hanno notizie relative a Lipari per tutta l’età imperiale romana.
In età cristiana, forse dal IV secolo, Lipari fu sede vescovile e almeno fin dal VI secolo erano venerate nella sua cattedrale le reliquie dell’apostolo San Bartolomeo, giunte miracolosamente dall’Armenia. Durante i secoli dell’alto Medioevo fu, quindi, meta di pellegrinaggi, ma proprio allora si ebbe un improvviso risveglio dell’attività vulcanica nell’isola di Lipari e il cratere eruttò immense masse di pietra pomice.
Nell’839 fu distrutta da un’incursione di musulmani. Lipari rimase per alcuni secoli quasi totalmente disabitata fino alla riconquista della Sicilia da parte dei Normanni quando si formò un nucleo urbano. Venne riedificata e ripopolata dal re Carlo V e da allora seguì le sorti della Sicilia e del Regno di Napoli.